Los parásitos son muy diversos y comunes tanto en poblaciones naturales como en stocks mantenidos en instalaciones acuícolas. Para la mayoría de las especies cultivadas, hay bacterias y virus importantes que causan enfermedades, pero los parásitos eucariotas también son muy importantes. Revisamos las diversas combinaciones de especies acuicultivadas y grupos de parásitos eucariotas y discutimos otros problemas asociados con la acuicultura, como la eutrofización, especies zoonóticas y especies invasoras, y concluimos que el desarrollo adicional de la acuicultura de manera sostenible debe incluir un enfoque holístico (Una Salud) donde se consideren muchos factores (por ejemplo, salud humana, seguridad alimentaria, salud y bienestar animal, protección del medio ambiente y la biodiversidad, y mecanismos de comercialización, etc.).