Al relacionar la divergencia genética en loci neutrales, la variación fenotípica y las distancias geográficas y ambientales, es posible descomponer escenarios microevolutivos que involucran selección natural y evolución neutral. En este trabajo, probamos los patrones de variación genética y fenotípica intraespecífica a lo largo de un gradiente altitudinal, utilizando como sistema de estudio. Genotipamos SNPs a nivel genómico a través de secuenciación ddRAD y cuantificamos la variación fenotípica a través de variación morfológica multivariada. Evaluamos los patrones de variación probando la asociación estadística entre distancias genéticas, fenotípicas, geográficas y altitudinales, y exploramos el papel de la deriva genética y la selección comparando el Fst y el Pst de rasgos morfométricos. Revelamos una débil estructura genética relacionada con la distancia geográfica entre poblaciones, pero excluimos el papel predominante de la deriva genética actuando sobre rasgos fenotípicos. Un alto grado de diferenciación fenotípica con respecto a la divergencia genética en loci neutrales nos permitió hipotetizar el efecto de la selección, supuestamente alimentada por condiciones cambiantes en diferentes sitios, sobre los rasgos morfológicos. Así, se puede hipotetizar que la selección natural actúa a pesar de la baja divergencia genética en loci neutrales como un posible motor que explica los patrones de variación observados.