En los últimos años, la marchitez bacteriana de la yuca ha causado pérdidas económicas sustanciales a la industria de la yuca en China. Los métodos de control químico se han convertido en el enfoque principal para controlar esta enfermedad; sin embargo, su uso generalizado y los residuos dañinos han suscitado preocupaciones sobre la contaminación ambiental. Para evitar esto, es urgente buscar un método ecológico y sostenible para prevenir y controlar la enfermedad. El control biológico a través de la utilización de microorganismos no solo inhibe eficazmente la enfermedad, sino que también considera la amigabilidad con el medio ambiente. Por lo tanto, investigar un método de control biológico endofítico para la marchitez bacteriana de la yuca es de gran importancia. En este estudio, se utilizaron tejidos de hojas de yuca como muestras de prueba para aislar bacterias endofíticas mediante métodos de dilución y separación. ME9, derivado de bacterias endofíticas de yuca, exhibe un buen antagonismo contra una amplia gama de patógenos, incluyendo 11. Su genoma consiste en una serie de genes que codifican lipopeptidos antibacterianos, que pueden estar directamente relacionados con sus capacidades antibacterianas. Además, la inoculación resultó en un cambio sustancial en la diversidad de la comunidad bacteriana endofítica, caracterizada por una mayor diversidad, y mostró una clara inhibición del crecimiento de bacterias patógenas, demostrando una colonización exitosa dentro de las plantas. Los resultados sentaron una base y proporcionaron apoyo teórico para el desarrollo y la utilización de la diversidad bacteriana endofítica de la yuca y estrategias de control de enfermedades endógenas.