La lesión por frío es un trastorno fisiológico causado por el almacenamiento en frío en duraznos y nectarinas. El principal síntoma de la lesión por frío es la harinosidad, descrita como una falta de jugo en la pulpa de la fruta. En este trabajo, estudiamos dos variedades de nectarinas (Andes Nec-2 y Andes Nec-3) con susceptibilidad contrastante a la harinosidad después del almacenamiento en frío. Se realizó un análisis metabolómico no dirigido por GC-MS para entender si los cambios en la abundancia de metabolitos están asociados con la harinosidad de las nectarinas inducida por el almacenamiento en frío. Los análisis multivariantes indicaron que en nectarinas no maduras, el almacenamiento en frío promovió una mayor acumulación de aminoácidos en ambas variedades. Curiosamente, para las nectarinas maduras, el almacenamiento en frío indujo una acumulación de menos aminoácidos en ambas variedades y mostró una mayor abundancia de azúcares y ácidos orgánicos. Una reconstrucción de las vías del metabolismo primario reveló que en nectarinas maduras, el almacenamiento en frío interrumpió la abundancia de metabolitos en el metabolismo de azúcares y el ciclo del ácido cítrico, lo que llevó a una acumulación diferencial de aminoácidos, ácidos orgánicos y azúcares en nectarinas harinosas y jugosas.