La interacción sinérgica entre la fragmentación del paisaje y el cambio climático representa una amenaza crítica para los bosques tropicales. Sin embargo, las dinámicas a largo plazo de estas presiones acopladas han sido poco exploradas. Este estudio analiza medio siglo (1979-2023) de cambios en la estructura del paisaje y el clima a través de cinco cuencas costeras en Oaxaca, México, una región de alta diversidad biológica y socioeconómica. Utilizando imágenes satelitales multitemporales (Corona, ortofotos, RapidEye y Planet), cuantificamos las trayectorias de la cobertura arbórea, la fragmentación (Índice de Parche Más Grande, LPI; Índice de Diversidad de Simpson, SIDI) y la conectividad (Índice de Probabilidad de Conectividad, PC); y contrastamos estos con las tendencias de temperatura y precipitación. Nuestros resultados revelan que durante el período 1979-2010, hubo un ligero aumento en la cobertura arbórea acompañado de métricas de paisaje positivas, mientras que en el período 2010-2023 se observó una pérdida de cobertura arbórea. No obstante, en general, entre 1979 y 2023, el análisis indica una ganancia neta de 59,725 ha de cobertura arbórea, una reducción en la fragmentación (el LPI aumentó un 26.33% y el SIDI disminuyó en 0.23), y una mejora en la conectividad (el PC aumentó en 0.35). Durante el mismo período, la temperatura media anual aumentó en 2.3 grados Celsius, y la precipitación disminuyó en 219 mm anualmente. El estudio concluye que el sistema está experimentando una transición de una limitación de configuración espacial a una limitación de calidad de hábitat inducida por el clima.