La familia Poaceae juega un papel fundamental tanto en la alimentación humana como en los ecosistemas ambientales, abarcando cultivos básicos como el trigo, el arroz y el maíz, que forman la base de la seguridad alimentaria global. A pesar de la importancia agrícola y ecológica de las especies de Poaceae, se han secuenciado genomas mitocondriales de apenas 23 especies dentro de esta familia, lo que dificulta investigaciones completas sobre su estructura filogenética, historia evolutiva y diversidad genética en Poaceae. En este estudio, se informaron los genomas de organelas completos de un césped de temporada cálida, el pasto ciempiés, representando el primer mitogenoma para el género dentro de Poaceae. Estos genomas proporcionan un recurso genómico crucial para futuros estudios de ensamblaje y comparativos de especies relacionadas. Nuestro análisis reveló secuencias repetitivas y evidencia de eventos de transferencia de genes intracelular (IGT) entre los genomas de cloroplasto y mitocondria. Además, en esta investigación, se desarrollaron marcadores moleculares basados en organelas, y se identificó el gen mitocondrial cox1 como un posible marcador diagnóstico para distinguir accesiones adaptadas a diferentes rangos altitudinales.