El síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) causó la emergencia sanitaria de COVID-19, afectando y matando a millones de personas en todo el mundo. Tras la infección por SARS-CoV-2, los pacientes con COVID-19 muestran un espectro de síntomas que van desde asintomáticos hasta manifestaciones muy severas. En particular, las células bronquiales y pulmonares, involucradas en la etapa inicial, desencadenan una fase de hiperinflamación, dañando una amplia gama de órganos, incluyendo el corazón, el cerebro, el hígado, el intestino y los riñones. Debido a la urgente necesidad de soluciones para limitar la propagación del virus, la mayoría de los esfuerzos se dedicaron inicialmente a mapear las trayectorias de los brotes y la aparición de variantes, así como a la búsqueda rápida de estrategias terapéuticas efectivas. Las muestras recolectadas de pacientes hospitalizados o fallecidos por COVID-19 desde las primeras etapas de la pandemia han sido analizadas a lo largo del tiempo, y hasta la fecha siguen representando una fuente invaluable de información para arrojar luz sobre los mecanismos moleculares subyacentes al daño en órganos/t tejidos, cuyo conocimiento podría ofrecer nuevas oportunidades para diagnósticos y diseños terapéuticos. Para estos propósitos, en combinación con datos clínicos, los perfiles ómicos y los modelos de red juegan un papel clave al proporcionar una visión holística de las vías, procesos y funciones más afectados por la infección viral. De hecho, además de los propósitos epidemiológicos, las redes están siendo adoptadas cada vez más para la integración de datos multiómicos, y recientemente su uso se ha expandido a la identificación de objetivos de fármacos o el reposicionamiento de fármacos existentes. Estos temas se abordarán aquí explorando el panorama de estudios basados en encuestas de SARS-CoV-2 utilizando enfoques de biología de sistemas derivados de datos ómicos, prestando especial atención a aquellos que han considerado muestras de origen humano.