El ADN ambiental (eDNA) extraído de los contenidos intestinales de los filtradores se puede utilizar para identificar la biodiversidad en los ecosistemas acuáticos. En este estudio, utilizamos eDNA de los contenidos intestinales de la almeja asiática para examinar la biodiversidad dentro del ecosistema estuarino. Se realizaron muestreos de campo en tres puntos de la desembocadura del río Nakdong, que se caracteriza por características estuarinas cerradas resultantes de la presencia de una presa estuarina. Las muestras recolectadas fueron disecadas para separar los contenidos intestinales, y el eDNA extraído fue amplificado utilizando el cebador 18S V9 que tiene como objetivo todo el ADN derivado de eucariotas. El ADN amplificado fue secuenciado utilizando una técnica de secuenciación de nueva generación (NGS), y se realizó una búsqueda BLASTn basada en la base de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) para la identificación de taxones. Obtuvimos 23 unidades operativas de taxonomía únicas (OTUs), incluyendo peces (aproximadamente 8.70%), copépodos (aproximadamente 17.39%) y algas verdes (aproximadamente 21.74%), representando una amplia gama de hábitats. Además, se identificaron 8 de las 20 familias a través de comparaciones con datos de referencia de encuestas de campo convencionales, y se detectaron las OTUs de peces migratorios elusivos. Los resultados apoyan la aplicación del eDNA como un muestreador para el monitoreo suplementario de la biodiversidad.