El transporte de plásmidos que codifican las toxinas PirA y PirB es uno de los agentes causales que conducen a la grave enfermedad de AHPND en la acuicultura de camarones. Sin embargo, hay una falta de comprensión profunda de las características de resistencia del hospedador contra la infección. Aquí, establecimos un método para obtener hemocitos de camarones con diferentes habilidades de resistencia y realizamos un análisis transcriptómico comparativo sobre los perfiles de expresión en el nivel de fondo de hemocitos de camarones en dos poblaciones independientes. El análisis de componentes principales y los resultados de agrupamiento de muestras mostraron que las muestras de la misma población tenían una relación más cercana que las de camarones con habilidades de resistencia a enfermedades similares. El análisis de genes expresados diferencialmente (DEGs) reveló que el número de DEGs entre las dos poblaciones era mucho mayor que el entre camarones resistentes y susceptibles. Se identificaron un total de 31 DEGs y 5 DEGs en la comparación entre camarones resistentes y susceptibles de las poblaciones 1 y 2, respectivamente. Los DEGs de la población 1 eran principalmente genes relacionados con el citoesqueleto, genes relacionados con el metabolismo y genes relacionados con la inmunidad. Aunque no hubo superposición de DEGs entre las dos comparaciones, los DEGs de la población 2 también incluían genes relacionados con el citoesqueleto y el metabolismo. Los datos sugieren que estos procesos biológicos juegan roles importantes en la resistencia a enfermedades, y podrían ser el foco de un análisis integral de múltiples datos ómicos. Se propuso una nueva estrategia para seleccionar procesos biológicos clave y genes relacionados con la resistencia a enfermedades basada en el presente estudio.