Las microalgas se han utilizado ampliamente en la acuicultura para mejorar tanto el ambiente acuático como el crecimiento de los peces; sin embargo, la comprensión actual de los efectos de la adición de microalgas sobre los actores clave involucrados en la regulación del ambiente acuático y la salud de los peces, como los microorganismos, sigue siendo limitada. Aquí, se estableció un experimento de mesocosmos de 50 días para simular la cría de Tilapia de Mejora Genética (GIFT) con un peso promedio de 14.18 +/- 0.93 g y una longitud promedio de 82.77 +/- 2.80 mm. Se añadieron diferentes cantidades de microalgas a estos sistemas artificiales para investigar la dinámica de las comunidades bacterianas en el agua de acuicultura, las branquias de los peces y el intestino utilizando tecnología de secuenciación de alto rendimiento basada en amplicones. Nuestros resultados mostraron que la adición aumentó la diversidad y la complejidad de la red de las comunidades bacterianas asociadas a las branquias, en lugar de las del agua y el intestino. Además, se detectaron más biomarcadores en las comunidades bacterianas asociadas a las branquias en respuesta a la adición que en las muestras de agua y del intestino de los peces. Estos hallazgos destacaron la alta sensibilidad de las comunidades bacterianas asociadas a las branquias en respuesta a la adición, lo que implica que la adición podría desempeñar roles importantes en la regulación de la inmunidad mucosal de los peces al alterar la microbiota asociada a las branquias.