IntiCom-DB: Una base de datos curada manualmente de moléculas de comunicación inter-tisular y sus rutas de comunicación
Autores: Xiong, Changxian; Zhou, Yiran; Han, Yu; Yi, Jingkun; Pang, Huai; Zheng, Ruimao; Zhou, Yuan
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 6
Citaciones: Sin citaciones
La comunicación intertisular (ITC) es crítica para mantener las funciones fisiológicas de múltiples tejidos y está estrechamente relacionada con el inicio y desarrollo de diversas enfermedades complejas. Sin embargo, no existe un recurso de datos bien organizado para las moléculas de ITC conocidas con rutas de ITC explícitas desde los tejidos fuente hasta los tejidos objetivo. Para abordar este problema, en este trabajo, revisamos manualmente casi 190,000 publicaciones e identificamos 1408 entradas de ITC respaldadas experimentalmente en las que se incluyeron las moléculas de ITC, sus rutas de comunicación y sus anotaciones funcionales. Para facilitar nuestro trabajo, estas entradas de ITC curadas se incorporaron en una base de datos fácil de usar llamada IntiCom-DB. Esta base de datos también permite la visualización de las abundancias de expresión de las proteínas de ITC y sus socios de interacción. Finalmente, los análisis bioinformáticos sobre estos datos revelaron características biológicas comunes de las moléculas de ITC. Por ejemplo, los puntajes de especificidad tisular de las moléculas de ITC a nivel de proteína son a menudo más altos que los de nivel de ARNm en los tejidos objetivo. Además, las moléculas de ITC y sus socios de interacción son más abundantes tanto en los tejidos fuente como en los tejidos objetivo. IntiCom-DB está disponible de forma gratuita como una base de datos en línea. Como la primera base de datos integral de moléculas de ITC con rutas de ITC explícitas, esperamos que IntiCom-DB beneficie futuros estudios relacionados con la ITC.
Descripción
La comunicación intertisular (ITC) es crítica para mantener las funciones fisiológicas de múltiples tejidos y está estrechamente relacionada con el inicio y desarrollo de diversas enfermedades complejas. Sin embargo, no existe un recurso de datos bien organizado para las moléculas de ITC conocidas con rutas de ITC explícitas desde los tejidos fuente hasta los tejidos objetivo. Para abordar este problema, en este trabajo, revisamos manualmente casi 190,000 publicaciones e identificamos 1408 entradas de ITC respaldadas experimentalmente en las que se incluyeron las moléculas de ITC, sus rutas de comunicación y sus anotaciones funcionales. Para facilitar nuestro trabajo, estas entradas de ITC curadas se incorporaron en una base de datos fácil de usar llamada IntiCom-DB. Esta base de datos también permite la visualización de las abundancias de expresión de las proteínas de ITC y sus socios de interacción. Finalmente, los análisis bioinformáticos sobre estos datos revelaron características biológicas comunes de las moléculas de ITC. Por ejemplo, los puntajes de especificidad tisular de las moléculas de ITC a nivel de proteína son a menudo más altos que los de nivel de ARNm en los tejidos objetivo. Además, las moléculas de ITC y sus socios de interacción son más abundantes tanto en los tejidos fuente como en los tejidos objetivo. IntiCom-DB está disponible de forma gratuita como una base de datos en línea. Como la primera base de datos integral de moléculas de ITC con rutas de ITC explícitas, esperamos que IntiCom-DB beneficie futuros estudios relacionados con la ITC.