En el presente estudio, evaluamos la relevancia de diversos factores ambientales en la diversidad de ostrácodos alfa y beta, a nivel de especie y familia. Se muestrearon ostrácodos de diversos sustratos, incluyendo sedimentos y sistemas radiculares de diversas macrófitas acuáticas flotantes, provenientes de 48 ambientes (hábitats lénticos y lóticos, desde el propio río, pasando por canales que conectan con lagos abiertos, hasta lagos cerrados), pertenecientes a cuatro sistemas diferentes (Paraná, Ivinheima, Baía y Taquaruçu), en el valle aluvial del Alto Paraná. El estudio faunístico registró la presencia de 54 especies de ostrácodos, pertenecientes a las familias Cyprididae, Candonidae, Limnocytheridae y Darwinulidae. Diversos estimadores de diversidad indicaron que estos niveles registrados de diversidad específica deberían estar cerca de los valores reales. Se observaron mayores valores de riqueza de especies de ostrácodos (diversidad alfa) en los sistemas de Baía e Ivinheima, mientras que los hábitats lóticos fueron más ricos que los lénticos. Además, los lagos abiertos parecieron verse más afectados por la variable «sistema» que los cerrados, lo que puede explicarse en cierta medida por los supuestos efectos del pulso de inundación en las comunidades bentónicas. Los dos factores investigados tienen efectos diferentes en las cuatro familias de ostrácodos. El presente estudio también indicó que existe una gran homogeneidad dentro y entre los sistemas, como lo demuestran los bajos niveles de diversidad beta.