Se ha demostrado coherencia temporal (es decir, el grado de sincronicidad de una variable dada entre unidades ecológicas dentro de un espacio predefinido) para varias características limnológicas en lagos templados, lo que permite predecir la estructura y función de los ecosistemas. Sin embargo, existe poca evidencia de coherencia temporal entre los sistemas acuáticos tropicales, donde la variabilidad climática entre estaciones es menos pronunciada. En este estudio, utilizamos datos del monitoreo a largo plazo de variables físicas, químicas y biológicas para evaluar el grado de coherencia temporal entre 18 lagunas costeras tropicales. La temperatura del agua y la concentración de clorofila-a presentaron la mayor y menor coherencia temporal entre las lagunas, respectivamente, mientras que la salinidad y el color del agua presentaron una coherencia temporal intermedia. Los factores climáticos regionales fueron los principales responsables de los patrones de coherencia en la temperatura y el color del agua, mientras que la ubicación del paisaje y las características morfométricas explicaron gran parte de la variación de la salinidad y el color del agua entre las lagunas. Estos resultados indican que tanto los factores locales (morfometría de la laguna) como los regionales (precipitación, temperatura del aire) regulan las condiciones físicas y químicas de las lagunas costeras al ajustar los subsidios terrestres y marinos a escala del paisaje. Por otro lado, la concentración de clorofila-a parece estar regulada principalmente por condiciones locales específicas, lo que resulta en una débil coherencia temporal entre los ecosistemas. Concluimos que la coherencia temporal en los ecosistemas tropicales es posible, al menos para algunas características ambientales, y debería evaluarse para otros ecosistemas tropicales. Nuestros resultados también refuerzan la necesidad de estudiar los ecosistemas acuáticos de forma más amplia para comprender plenamente su estructura y función.