Este estudio tuvo como objetivo comparar el conteo microscópico, la cultura y la PCR cuantitativa o en tiempo real (qPCR) para cuantificar bacterias reductoras de sulfato en muestras de lodos ambientales e ingenieriles. Se probaron inicialmente cuatro conjuntos de cebadores que amplificaban el gen que codifica las dos enzimas clave de la vía de reducción de sulfato. Se construyeron curvas estándar de qPCR utilizando ADN genómico de una suspensión de SRB y diluciones de un lodo enriquecido en reductores de sulfato. Según la especificidad y la reproducibilidad, el conjunto de cebadores DSR1F/RH3-dsr-R garantizó una buena cuantificación basada en la amplificación del gen; sin embargo, mostró inconsistencias en niveles bajos y altos de concentraciones de SRB en muestras de lodos ambientales y reductores de sulfato. En última instancia, realizamos un método de qPCR normalizado a copias de genes, utilizando un fragmento de ADN de doble cadena sintético como calibrador. Este método cumplió con todos los criterios de validación y demostró ser específico, preciso y exacto. La enumeración de poblaciones de SRB metabólicamente activas a través de métodos de cultivo difería de las copias de genes, pero mostró una correlación positiva plausible. Por el contrario, el conteo microscópico tuvo limitaciones debido a la dificultad de distinguir organismos densamente agrupados, lo que afectó la precisión. Por lo tanto, este estudio demuestra que un método basado en qPCR optimizado con copias de genes como calibrador es una herramienta molecular sensible para la enumeración absoluta de poblaciones de SRB en muestras de lodos ingenieriles y ambientales.