Este estudio empleó análisis metagenómicos y ambientales integrados para elucidar los roles ecológicos de las comunidades microbianas (virus, arqueas, hongos) en sistemas de co-cultivo de loto y peces (LFC) frente a la cultura intensiva en estanques (IPC), centrándose en sus impactos en la calidad del agua, la salud del sedimento, la inmunidad intestinal de los peces y la sostenibilidad del ecosistema. El sistema LFC disminuyó de manera eficiente la concentración de nitrógeno total, fósforo total, demanda química de oxígeno en el agua y materia orgánica en el sedimento a través de la simbiosis planta-microbio. Al mismo tiempo, LFC mediaba la estructura de las comunidades microbianas: las arqueas mejoraron la oxidación de amoníaco y la degradación de materia orgánica, lo que ayudó a contrarrestar la metanogénesis, mientras que la riqueza de hongos en el sedimento y el intestino de los peces promovió la auto-purificación ecológica. La supresión de la diversidad viral en el agua ayudó a reducir los riesgos de patógenos. LFC avanza en la acuicultura sostenible al fortalecer la resiliencia ecológica y la salud en operaciones a gran escala, logrando los dos objetivos de alta productividad y gestión ambiental a través del ciclo cerrado de recursos.