La cavidad oral de una serpiente venenosa puede albergar microorganismos patógenos que causan infecciones secundarias en el sitio de la herida después de ser mordido. Recogimos muestras orales de 37 individuos pertenecientes a siete especies de serpientes venenosas silvestres en Taiwán, incluyendo (Na), (Bm), (Pm), (Ts), (Ds), (Da) y alpina (Tg). Las especies bacterianas fueron identificadas utilizando análisis de secuenciación de amplicones de 16S rRNA de longitud completa, y este es el primer estudio que utiliza esta técnica para investigar la microbiota oral de múltiples especies de serpientes taiwanesas. Se identificaron hasta 1064 especies bacterianas en las cavidades orales de las serpientes, con 24 especies patógenas y 24 no patógenas entre las más abundantes. Las especies bacterianas orales más abundantes detectadas en nuestro estudio eran diferentes de las encontradas en estudios anteriores, que variaban según la especie de serpiente, los sitios de recolección, los tejidos muestreados, la dependencia del cultivo y los métodos de análisis. El análisis multivariado reveló que las composiciones de especies bacterianas orales en Na, Bm y Pm eran significativamente diferentes de las de las otras especies, mientras que las de Ts, Ds, Da y Tg mostraron menos diferencias. Aquí revelamos la diversidad microbiana en múltiples especies de serpientes silvestres y proporcionamos implicaciones terapéuticas potenciales respecto a la selección empírica de antibióticos para la medicina de vida silvestre y el manejo de mordeduras de serpiente.