Comparación de los paisajes de empalme alternativo revelados por secuenciación de lecturas largas en células cultivadas derivadas de hepatocitos HepG2 y Huh7 y tejido hepático humano
Autores: Kozlova, Anna; Sarygina, Elizaveta; Deinichenko, Kseniia; Radko, Sergey; Ptitsyn, Konstantin; Khmeleva, Svetlana; Kurbatov, Leonid; Spirin, Pavel; Prassolov, Vladimir; Ilgisonis, Ekaterina; Lisitsa, Andrey; Ponomarenko, Elena
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 7
Citaciones: Sin citaciones
La secuenciación de ARN de lectura larga desarrollada por Oxford Nanopore Technologies proporciona una cuantificación directa de los isoformas de transcritos, lo que hace posible presentar perfiles de empalme alternativo (AS) como arreglos de variantes de empalme únicas con diferentes abundancias. Además, los perfiles de AS se pueden presentar como arreglos de genes caracterizados por el grado de empalme alternativo (el DAS, el número de variantes de empalme detectadas por gen). Aquí, utilizamos con éxito el DAS para revelar vías biológicas influenciadas por las alteraciones en AS en tejido hepático humano y las líneas celulares malignas derivadas de hepatocitos HepG2 y Huh7, empleando así el algoritmo matemático de análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes. Además, el análisis de los perfiles de AS como abundancias de variantes de empalme únicas mediante el índice de especificidad tisular graduado proporcionó la selección de grupos de genes que expresan variantes de empalme particulares específicamente en tejido hepático, células HepG2 y células Huh7. La mayoría de estas variantes de empalme se tradujeron en productos proteicos y parecen estar en el centro de atención en cuanto a nuevas perspectivas sobre los mecanismos subyacentes a la malignización celular. Las métricas utilizadas son intrínsecamente adecuadas para el perfilado de AS a nivel del transcriptoma utilizando secuenciación de lectura larga.
Descripción
La secuenciación de ARN de lectura larga desarrollada por Oxford Nanopore Technologies proporciona una cuantificación directa de los isoformas de transcritos, lo que hace posible presentar perfiles de empalme alternativo (AS) como arreglos de variantes de empalme únicas con diferentes abundancias. Además, los perfiles de AS se pueden presentar como arreglos de genes caracterizados por el grado de empalme alternativo (el DAS, el número de variantes de empalme detectadas por gen). Aquí, utilizamos con éxito el DAS para revelar vías biológicas influenciadas por las alteraciones en AS en tejido hepático humano y las líneas celulares malignas derivadas de hepatocitos HepG2 y Huh7, empleando así el algoritmo matemático de análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes. Además, el análisis de los perfiles de AS como abundancias de variantes de empalme únicas mediante el índice de especificidad tisular graduado proporcionó la selección de grupos de genes que expresan variantes de empalme particulares específicamente en tejido hepático, células HepG2 y células Huh7. La mayoría de estas variantes de empalme se tradujeron en productos proteicos y parecen estar en el centro de atención en cuanto a nuevas perspectivas sobre los mecanismos subyacentes a la malignización celular. Las métricas utilizadas son intrínsecamente adecuadas para el perfilado de AS a nivel del transcriptoma utilizando secuenciación de lectura larga.