La acuicultura es un sector de producción de alimentos que está emergiendo rápidamente, en el cual la producción pesquera desempeña un papel socioeconómico imperativo, proporcionando amplios recursos y un enorme potencial en todo el mundo. Sin embargo, los animales acuáticos están expuestos a la degradación del medio ambiente ecológico y a brotes de infecciones, que representan problemas significativos en la actualidad. Una de las razones de estas amenazas es el uso excesivo de antibióticos y medicamentos sintéticos que tienen impactos perjudiciales en el ambiente acuático. No es sorprendente que se hayan desarrollado ingredientes de alimentación funcionales y basados en la naturaleza, como probióticos, prebióticos, postbióticos y simbióticos, como alternativas naturales para mantener un ambiente microbiano saludable en la acuicultura. Estos aditivos funcionales para la alimentación poseen varias características beneficiosas, incluyendo la modulación de la microbiota intestinal, el refuerzo de la respuesta inmune, la resistencia a organismos patógenos, la mejora del rendimiento de crecimiento y la utilización mejorada de los alimentos en los animales acuáticos. Sin embargo, sus mecanismos para modular el sistema inmunológico y la microbiota intestinal en los animales acuáticos son en gran medida inciertos. Esta revisión discute los avances en la investigación básica y actual para llenar vacíos de investigación y promover una producción acuícola efectiva y saludable.