Las frutas contienen muchos compuestos bioactivos, incluidos polisacáridos, oligosacáridos, polifenoles, antocianinas y flavonoides. Todos estos bioactivos en las frutas tienen efectos potencialmente beneficiosos sobre la microbiota intestinal y la salud del huésped. Por un lado, las frutas ricas en ingredientes activos pueden actuar como sustratos para interactuar con microorganismos y producir metabolitos que regulen la microbiota intestinal. Por otro lado, los microbios intestinales podrían promover efectos saludables en el huésped al equilibrar la disbiosis de la microbiota intestinal. Hemos analizado extensamente información significativa sobre los componentes bioactivos en las frutas basándonos en los Elementos de Informe Preferidos para Revisiones Sistemáticas y Meta-Análisis (PRISMA). Aunque el mecanismo de acción profundo de los componentes bioactivos en las frutas sobre la microbiota intestinal necesita más estudio, estos resultados también proporcionan información de apoyo sobre las frutas como fuente de ingredientes activos dietéticos para respaldar el papel adjunto de las frutas en la prevención y tratamiento de enfermedades.