(1) Antecedentes: Desde el comienzo del siglo XXI, el gran número y la amplia variedad química de nuevas sustancias psicoactivas (NPS) que ingresan al mercado cada año se ha convertido en un problema de salud pública. Dada la rapidez con la que está cambiando el mercado de drogas, muchas NPS no son investigadas clínicamente y sus efectos y riesgos para la salud son desconocidos. Las pruebas de drogas son una herramienta muy útil para este propósito, pero, desafortunadamente, no son muy comunes en individuos con trastorno por uso de opioides que están bajo tratamiento de desintoxicación. El objetivo de este estudio es investigar el uso de drogas ilícitas y NPS en pacientes con trastorno por uso de opioides (OUD) en tratamiento con agonistas de opioides. (2) Métodos: Se llevó a cabo un estudio multicéntrico, descriptivo y transversal en dos servicios de atención a la adicción en Barcelona y Badalona, España. Se recolectaron muestras de orina de individuos con OUD que asistían a estos dos centros, quienes donaron anónimamente una muestra de orina en el momento de una visita periódica. Las muestras fueron analizadas mediante cromatografía de gases-espectrometría de masas (GC-MS) de alta sensibilidad y cromatografía líquida de ultra alto rendimiento-espectrometría de masas de alta resolución (UHPLC-HRMS). (3) Resultados: De las 187 muestras de orina recolectadas y analizadas, el 27.3% fueron positivas para algún tipo de NPS y el 8.6% fueron positivas para nuevos opioides sintéticos, incluyendo fentanilo y sus derivados (NSO). Otras sustancias detectadas con frecuencia fueron benzodiazepinas en el 46.0% de las muestras, antipsicóticos en el 27.8% de las muestras, o cocaína y cannabis en el 23.5% de las muestras. (4) Conclusión: Se ha detectado un gran número de NPS, incluidos los NSO, en muestras de orina de una población con OUD. La falta de detección de NPS en las pruebas de drogas estándar entre los usuarios de drogas puede ocultar la identificación de un posible problema de salud pública.