Este artículo pretende describir los desafíos de la biodiversidad urbana para abordar los criterios de la ecohidrología y, con un enfoque complementario, los impactos de la eutrofización. También se describe la visión de los servicios ambientales, las consecuencias de la urbanización y los aspectos de gestión de la gobernanza del agua. Se contemplan los factores de la restauración fluvial, las compensaciones ambientales y las limitaciones socioculturales mediante preguntas conceptuales dirigidas a aspectos emergentes que definen guías metodológicas, desafíos estratégicos para las partes interesadas y oportunidades interdisciplinarias. Se adjuntan ejemplos de estudios de caso sobre restauración y gestión, de experiencias y lecciones aprendidas, con breves análisis y referencias bibliográficas.