Desarrollo de Repeticiones de Secuencia Simple de (Coleoptera: Cerambycidae) Basado en Secuenciación de ADN Asociada a Sitios de Restricción
Autores: Lu, Jintao; Zhang, Senzhe; Liu, Jiaxin; Zhang, Yuhua; Hu, Lijuan; Yang, Zhende; Hu, Ping
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
Los bosques de pinos han sufrido daños importantes por el escarabajo, que propaga el nematodo y representa una amenaza seria para las coníferas como Pinus massoniana. Para llenar el vacío de conocimiento sobre la filogeografía de, se diseñaron cebadores de repeticiones de secuencia simple (SSR) como parte de este trabajo. Para encontrar SSR polimórficos, los investigadores secuenciaron especímenes de tres ubicaciones diferentes utilizando el enfoque Red-seq. Después de un análisis adicional, se encontraron 95,612 loci SSR, la mayoría de los cuales eran repeticiones de mononucleótidos (51.43%), dinucleótidos (28.79%) y trinucleótidos (16.74%). Se seleccionaron dieciocho pares de cebadores SSR por su estabilidad y alto polimorfismo, con tipificación genética que mostró un conteo promedio de alelos de 3-8, heterocigosidad (Ho) de 0.13 a 0.73, valores de PIC que oscilan entre 0.29 y 0.78, y el índice de Shannon entre 0.59 y 1.80. El estudio resultó en 16 pares de cebadores SSR utilizables, mejorando las capacidades de investigación en filogeografía, mapeo genético y genómica funcional de.
Descripción
Los bosques de pinos han sufrido daños importantes por el escarabajo, que propaga el nematodo y representa una amenaza seria para las coníferas como Pinus massoniana. Para llenar el vacío de conocimiento sobre la filogeografía de, se diseñaron cebadores de repeticiones de secuencia simple (SSR) como parte de este trabajo. Para encontrar SSR polimórficos, los investigadores secuenciaron especímenes de tres ubicaciones diferentes utilizando el enfoque Red-seq. Después de un análisis adicional, se encontraron 95,612 loci SSR, la mayoría de los cuales eran repeticiones de mononucleótidos (51.43%), dinucleótidos (28.79%) y trinucleótidos (16.74%). Se seleccionaron dieciocho pares de cebadores SSR por su estabilidad y alto polimorfismo, con tipificación genética que mostró un conteo promedio de alelos de 3-8, heterocigosidad (Ho) de 0.13 a 0.73, valores de PIC que oscilan entre 0.29 y 0.78, y el índice de Shannon entre 0.59 y 1.80. El estudio resultó en 16 pares de cebadores SSR utilizables, mejorando las capacidades de investigación en filogeografía, mapeo genético y genómica funcional de.