La cría moderna de plantas depende en gran medida de aprovechar la diversidad genética presente en los cultivos, lo que requiere la identificación de múltiples variantes de polimorfismo de un solo nucleótido a lo largo de genes de interés. Los métodos tradicionales para detectar estas variantes pueden ser lentos, costosos y, a menudo, inaccesibles para empresas y laboratorios de cría más pequeños. En este estudio, demostramos un enfoque rápido y rentable para detectar polimorfismos de un solo nucleótido y variantes estructurales en genes objetivo de longitud completa mediante la integración de PCR multiplex, un procedimiento de codificación rápida y secuenciación por nanoporo. Aplicamos este método para analizar la variación genética en cuatro genes de girasol (Ahasl1, Ahasl2, Ahasl3 y FAD2) en 40 genotipos, así como en tres genes de trigo (Ppo, Wx y Lox) en 30 genotipos. Nuestros hallazgos proporcionan una visión general completa de la distribución de variantes genéticas a lo largo de estos genes, destacando una diversidad genética significativa dentro de las colecciones de germoplasma. Este enfoque simplificado no solo mejora la eficiencia, sino que también reduce los costos y los requisitos de mano de obra, haciendo que la secuenciación y el genotipado rápidos sean más accesibles para los criadores de plantas. Al facilitar un acceso más rápido a información genética esencial, este método tiene el potencial de acelerar el proceso de cría y mejorar los resultados en el desarrollo de cultivos.