Una de las anomalías dentales más comunes en los humanos es la ausencia congénita de dientes, conocida como agenesia dental. La asociación de la agenesia dental con la morfología craneofacial ha sido investigada previamente, pero sigue siendo poco clara. Investigamos esta asociación aplicando métodos de morfometría geométrica en una gran muestra de humanos modernos. En línea con estudios anteriores, informamos aquí que un número reducido de dientes está vinculado a un perfil menos convexo, así como a una cara más corta. Los efectos fueron similares para hombres y mujeres; aumentaron a medida que la gravedad de la agenesia dental aumentó y permanecieron inalterados por la inclusión de terceros molares y de la alometría en el análisis. Además, en los casos con agenesia dental solo en el maxilar, no hubo un efecto detectable en la forma mandibular, mientras que la forma maxilar se vio afectada independientemente de la ubicación de los dientes faltantes. La robustez de la muestra presente, junto con el análisis de forma y el enfoque estadístico aplicado, permitió una prueba exhaustiva de varios factores contribuyentes respecto a la presencia, pero también a la magnitud de los efectos. Los hallazgos actuales sugieren una relación entre el número de dientes y el desarrollo craneofacial general y tienen implicaciones evolutivas.