Basado en los recientes avances en la investigación de condiciones inflamatorias crónicas, hay un creciente cuerpo de evidencia que sugiere una estrecha correlación entre la microbiota del tracto gastrointestinal y la actividad fisiológica del sistema inmunológico. Esto plantea la idea de que las alteraciones del ecosistema gastrointestinal contribuyen al desarrollo de enfermedades crónicas, incluidas las patologías neurodegenerativas. Aquí, revisamos nuestra comprensión actual sobre la interacción putativa entre la microbiota intestinal y el sistema inmunológico desde la perspectiva de la esclerosis múltiple, una de las condiciones autoinmunes acompañadas de una grave neuroinflamación crónica que afecta a millones de personas en todo el mundo.