Los microbios endófitos son un grupo ubicuo de comunidades asociadas a plantas que colonizan los tejidos intercelulares o intracelulares del huésped, proporcionando numerosos efectos beneficiosos a las plantas. Se piensa que todas las especies de plantas están asociadas con endófitos, constituidos mayormente por bacterias y hongos. Durante las últimas dos décadas, ha habido un movimiento considerable hacia el estudio de los endófitos asociados con las plantas de café. En esta revisión, se da especial atención a las bacterias y hongos endófitos asociados al café, particularmente su acción en la promoción del crecimiento de las plantas y el biocontrol de plagas. Además, buscamos identificar y analizar las lagunas en la investigación disponible. Adicionalmente, se discute brevemente el potencial de los endófitos para mejorar la calidad de las semillas de café. A pesar de que hay estudios limitados sobre el tema, se ha reconocido bien el potencial de los endófitos del café en la promoción del crecimiento de las plantas a través de la mejora de la fijación de nitrógeno, la disponibilidad de minerales, la absorción de nutrientes, la secreción de fitohormonas y otros metabolitos bioactivos. Además, el efecto antagónico contra diversas bacterias patógenas del café, hongos, nematodos y también plagas de insectos contribuye a la protección del cultivo. Además, se reconoce que los endófitos mejoran las características sensoriales del café como un nuevo campo de estudio.