Los dinoflagelados son importantes productores primarios conocidos por formar Floraciones de Algas Nocivas (FAN). En el agua, la disponibilidad de nutrientes, el pH, la salinidad y la contaminación antropogénica constituyen estresores químicos para ellos. La aparición de enfoques OMICs ha impulsado nuestra comprensión de las respuestas de los dinoflagelados a los estresores. Sin embargo, en los dinoflagelados, estos enfoques aún están sesgados, ya que los enfoques transcriptómicos se llevan a cabo en gran medida en comparación con los enfoques proteómicos y metabolómicos. Además, los enfoques OMICs integrados están apenas surgiendo. Aquí, informamos sobre las contribuciones recientes de los diferentes enfoques OMICs a la investigación de las respuestas de los dinoflagelados a los estresores químicos y discutimos los desafíos actuales que debemos enfrentar para avanzar en los estudios a pesar de la falta de recursos genómicos disponibles para los dinoflagelados.