La acidificación del océano (AO) y el calentamiento del océano (CO) son obstáculos potenciales para la supervivencia y el crecimiento de los organismos marinos, particularmente aquellos que dependen de la calcificación. Este estudio investigó los efectos individuales y conjuntos de AO y CO en larvas de pepinos de mar criadas bajo combinaciones de dos temperaturas (19 grados C o 22 grados C) y dos niveles de CO (400 o 1000 atm) que reflejan los escenarios oceánicos actuales y proyectados para finales del siglo XXI. La investigación se centró en evaluar el desarrollo larval e identificar diferencias en los patrones de expresión génica en cuatro etapas cruciales de embrión-larva (blastula, gastrula, auricularia y doliolaria) de los pepinos de mar, utilizando RNA-seq. Los resultados mostraron el efecto perjudicial de AO en el desarrollo temprano y el crecimiento corporal de las larvas y una reducción en la expresión de genes asociados con la biomineralización, la esqueletonogénesis y la homeostasis iónica. Este efecto fue particularmente pronunciado durante la etapa doliolaria, indicando la presencia de cuellos de botella en el desarrollo larval en esta fase de transición entre las etapas larval y megalopa en respuesta a AO. CO aceleró el desarrollo larval a través de las cuatro etapas, especialmente en las etapas blastula y doliolaria, pero resultó en una regulación al alza generalizada de genes relacionados con proteínas de choque térmico, defensa antioxidante y respuesta inmune. Significativamente, los efectos negativos del aumento de CO en el proceso de desarrollo de las larvas parecieron ser mitigados cuando se acompañaron de temperaturas elevadas a expensas de una reducción en la resiliencia inmune y un aumento en la fragilidad del sistema. Estos hallazgos sugieren que las alteraciones en la expresión génica dentro de las larvas proporcionan un mecanismo para adaptarse a los estresores que surgen de un entorno oceánico en rápida transformación.