La Gran Área de la Bahía de Guangdong-Hong Kong-Macao (GBA) y el Delta del Río Yangtsé (YRD) son polos clave de crecimiento económico en China, desempeñando un papel crítico en el impulso del desarrollo económico nacional y facilitando los intercambios internacionales en comercio, cultura y ecología. Sin embargo, la rápida urbanización e industrialización han ejercido una presión considerable sobre los entornos regionales. En este estudio, primero evaluamos la dinámica del almacenamiento de carbono (CS) y la calidad del hábitat (HQ) en la GBA y el YRD desde 2000 hasta 2020 utilizando el modelo InVEST y el software ArcGIS, analizando sistemáticamente sus cambios espaciotemporales y los mecanismos subyacentes. Posteriormente, empleamos el modelo PLUS para predecir los cambios en el uso del suelo para 2030 y evaluar sus posibles impactos en CS y HQ. Los resultados indican que: (1) Ambas regiones han experimentado aumentos en la tierra de construcción y disminuciones en la tierra cultivable. (2) Entre 2000 y 2020, el CS en la GBA disminuyó en 33.65 x 106 t y el HQ cayó en 0.0833, mientras que en el YRD, el CS disminuyó en 15.35 x 106 t y el HQ bajó en 0.0504. (3) Para 2030, se proyecta que el CS en la GBA disminuirá aún más en un 4.08%, con el HQ disminuyendo a 0.4777, mientras que en el YRD, se espera que el CS caiga en un 2.71% y el HQ disminuya a 0.4115. (4) La diferenciación espacial de CS y HQ en la GBA está impulsada principalmente por procesos antropogénicos, mientras que en el YRD está principalmente restringida por factores naturales como la topografía. Este estudio destaca la importancia de comprender las dinámicas espaciotemporales de CS y HQ, lo que puede ayudar a mejorar las funciones de los servicios ecosistémicos, mitigar los impactos del cambio climático y proporcionar una base científica para el desarrollo sostenible regional.