Las plantas medicinales endémicas que crecen a altitudes en el norte de Chile han sido utilizadas tradicionalmente para aplicaciones terapéuticas por médicos aymaras. Varios estudios han analizado las propiedades biológicas de estas plantas con fines terapéuticos. El objetivo fue caracterizar a nivel molecular y bioquímico las bacterias que viven en la rizosfera y raíces de plantas medicinales endémicas que crecen entre 3681-5104 m.s.n.m. en la provincia de Parinacota. Treinta y nueve bacterias fueron aisladas de nueve plantas medicinales bajo nuestras condiciones de laboratorio. Estas bacterias fueron caracterizadas por tinción de Gram, producción de hidrolasas, promoción del crecimiento de plantas, actividades antifúngicas y antibacterianas, y secuenciación de 16S rDNA. Un estudio filogenético reveló la presencia de tres filos principales, (46.2%), (43.6%) y (10.3%). Las cepas de rizobacterias asociadas con la planta medicinal aymara exhibieron varias actividades biológicas interesantes, como enzimas hidrolíticas, características promotoras del crecimiento de plantas, y propiedades antibacterianas y antifúngicas, lo que indica su potencial para desarrollar nuevos productos bio-basados para aplicaciones agrícolas o clínicas. Estos resultados son prometedores y destacan la necesidad de orientar la búsqueda de explicaciones sobre la base biomolecular de los efectos terapéuticos de las plantas medicinales.