El tratamiento farmacológico existente contra la tuberculosis no es rival para el creciente número de cepas multirresistentes de su agente causante. Una mejor comprensión de cómo los micobacterias subvierten las defensas inmunitarias del huésped es crucial para desarrollar nuevas estrategias terapéuticas. Un enfoque potencial es mejorar la actividad de la maquinaria de autofagia, que puede dirigir las bacterias a la degradación autofagolisosomal. Sin embargo, los detalles de la interacción entre las micobacterias y la maquinaria de autofagia deben ser mejor comprendidos. Aquí, analizamos datos de imágenes en vivo del modelo de pez cebra de tuberculosis para caracterizar las interacciones micobacterias-autofagia durante las primeras etapas de la infección in vivo. Para la obtención de imágenes de alta resolución, microinyectamos fluorescente en el tejido de la aleta caudal de larvas de pez cebra que portaban el reportero de autofagia GFP-LC3. Detectamos grupos fagocitados y vesículas positivas para LC3 que contenían en la primera hora de infección. Las asociaciones de LC3 con estas vesículas fueron transitorias y heterogéneas, variando desde vesículas simples hasta estructuras compuestas complejas, cambiando dinámicamente de forma mediante fusiones entre vesículas que contenían y vacías. Las vesículas de LC3 podrían adoptar formas alargadas durante la migración celular o alternar entre morfologías espaciosas y compactas. También se observaron vesículas de LC3 en células que migraban en reversa desde el sitio de infección, lo que indica que la maquinaria de autofagia no logra controlar la infección antes de la diseminación tisular.