El rápido desarrollo de las ciencias biológicas en el siglo XXI abrió nuevos horizontes y perspectivas en la cría de ganado, que ahora se rige por nuevas reglas basadas en información relacionada con su fondo genético. Grecia, un país que tradicionalmente está vinculado a la cría de ovejas desde tiempos antiguos, no pudo seguir las prácticas modernas aplicadas en muchos países europeos, como la mejora genética y la aplicación de técnicas de cría biotecnológicas, y por lo tanto, se quedó atrás en la creación de razas de ovejas que pudieran servir como núcleos para estrategias de cría con el objetivo de mejorar el rendimiento y aumentar la resiliencia a entornos difíciles. En este estudio, analizamos el fondo genético de las razas de ovejas griegas más numerosas o importantes para evaluar los recursos genéticos locales y ayudar en acciones ya sea para la preservación de razas o la mejora genética. Además, a través del análisis del flujo génico, proporcionamos información sobre las olas de migración y la domesticación de ovejas en la cuenca mediterránea. Nuestros hallazgos forman una base sobre la cual pueden operar los esquemas de mejora genética y selección para producir un ganado de cría con el origen y las características deseadas.