El pez escorpión de piel rugosa es una especie de pez en peligro de extinción en China. En los últimos años, la tecnología de cría artificial ha avanzado significativamente, y la población de pez escorpión de piel rugosa se ha recuperado en el entorno natural a través de programas de mejora y la liberación de juveniles. Sin embargo, los efectos de los peces escorpión de piel rugosa liberados sobre la estructura genética y la diversidad de las poblaciones silvestres siguen siendo inciertos. Los estudios sobre el análisis de diversidad genética basados en diferentes tipos y números de marcadores moleculares han arrojado resultados inconsistentes. En este estudio, obtuvimos 2,610,157 SNPs de alta calidad y 494,698 InDels a través de la resecuenciación del genoma completo de dos poblaciones cultivadas y una población silvestre. Ambas poblaciones cultivadas mostraron niveles consistentes de polimorfismo genómico y un ligero aumento en la ligadura en comparación con las poblaciones silvestres. La estructura poblacional de las dos poblaciones cultivadas era distinta de la de la población silvestre, pero el grado de diferenciación genética era bajo (promedio general Fst = 0.015). El análisis de barrido selectivo mostró que 523,529 genes fueron seleccionados en las dos poblaciones cultivadas, y el análisis de enriquecimiento de KEGG mostró que los genes seleccionados estaban relacionados con el metabolismo de aminoácidos, lo que podría ser causado por la alimentación artificial. Los hallazgos de este estudio proporcionan valiosas adiciones a los recursos genómicos existentes para ayudar a conservar las poblaciones de pez escorpión de piel rugosa.