Nuestra comprensión de la red reguladora genética que constituye el reloj circadiano ha aumentado considerablemente en las últimas décadas, notablemente debido al uso de como sistema modelo. En contraste, el análisis de la variación genética natural que permite el funcionamiento robusto del reloj en una amplia gama de entornos se ha desarrollado más lentamente. En el estudio actual, analizamos datos de secuenciación del genoma de poblaciones silvestres europeas de, que fueron muestreadas densamente a través del tiempo y el espacio. Identificamos cientos de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) en nueve genes asociados con el reloj, 276 de los cuales exhibieron un cline latitudinal en sus frecuencias alélicas. Si bien los tamaños de efecto de estos patrones clinales fueron pequeños, lo que indica adaptaciones sutiles impulsadas por la selección natural, proporcionaron información importante sobre la dinámica genética de los ritmos circadianos en poblaciones naturales. Seleccionamos nueve SNP en diferentes genes y evaluamos su impacto en los fenotipos circadianos y estacionales al reconstruir poblaciones cruzadas fijas para cualquiera de los alelos SNP, a partir de cepas DGRP endogámicas. El período libre de correr circadiano del ritmo de actividad locomotora se vio afectado por un SNP en (dbt) y (). Los SNP en (), (), (), y () afectaron la acrofase. Los alelos del SNP en conferían diferentes niveles de diapausa y la respuesta de recuperación del coma por frío.