La calidad y producción de la viticultura están profundamente influenciadas por el clima y el suelo, que son vitales para mejorar el crecimiento de las plantas, maximizar la productividad y facilitar la captura de carbono y la fitorremediación. Cualquier degradación en la calidad del suelo resultante de las prácticas de producción, como la salinización y el aumento de la acidez, pone en peligro la sostenibilidad a largo plazo de las operaciones de viñedo. Es crucial que prioricemos la salud de nuestro suelo para asegurar el éxito futuro de nuestros viñedos. Este estudio tiene como objetivo (1) evaluar la diversidad fúngica del suelo bajo diversas prácticas de manejo, (2) comparar la abundancia relativa de lecturas de secuencias para diferentes taxones en respuesta a estas prácticas, y (3) analizar los cambios en la composición de los gremios funcionales en relación con estas prácticas de manejo. En esta investigación, se analizó la composición de la comunidad fúngica utilizando herramientas moleculares en cinco ubicaciones con distintas prácticas de manejo de tierras sobre el mismo suelo basáltico. Los hallazgos indican que las prácticas de manejo del viñedo tuvieron un impacto sustancial en la diversidad fúngica, como lo evidencian las métricas de diversidad alfa taxonómica, con diferencias significativas observadas en comparación con condiciones de pasto natural y campo abierto. Un análisis de varianza permutacional (PERMANOVA) reveló un efecto altamente significativo de las prácticas de manejo (p < 0.0001) en la estructura de la comunidad fúngica. Se encontró que las prácticas de manejo de tierras inducen diferencias significativas (p < 0.05) en la diversidad de especies entre sitios orgánicos (orgánico y convencional) y el sitio de control natural. Además, la composición y funcionalidad de las comunidades fúngicas parecen estar moldeadas por los distintos factores abióticos asociados con diferentes estrategias de manejo que aumentan la abundancia de microorganismos del suelo totales que están afectando el rendimiento de la uva y su calidad.