Los mejoradores de sedimento son mediadores importantes del rendimiento de crecimiento de los animales acuáticos y de la calidad ambiental circundante. Sin embargo, las respuestas fisiológicas de los cangrejos de río a diferentes mejoradores de sedimento siguen siendo poco claras. Aquí, cultivamos cangrejos de río utilizando dos mejoradores de sedimento químicos (monopersulfato de potasio y ferrato de potasio) y dos mejoradores biológicos (bacterias fotosintéticas púrpuras no azufradas) en concentraciones bajas y altas. Después de 42 días, encontramos que la adición de mejoradores de sedimento químicos fue más efectiva para mejorar la calidad del agua que los mejoradores biológicos. Por el contrario, la aplicación de mejoradores biológicos resultó en un aumento considerable del peso final, las ganancias de peso y las tasas de supervivencia. En todos los grupos de baja concentración, la actividad de las enzimas relacionadas con la inmunidad en la hemolinfa y el hepatopáncreas aumentó considerablemente, mientras que la actividad de malondialdehído y la expresión de ARNm de los genes AMP (PcALF y PcCru) disminuyeron considerablemente. Los cangrejos de río expuestos a bajas concentraciones de mejoradores de sedimento mostraron una mayor integridad intestinal y hepatopancreática. Además, la composición de la microbiota intestinal varió después de la adición de diferentes mejoradores de sedimento. En resumen, nuestra investigación indicó que diferentes tipos de mejoradores de sedimento no solo mejoraron el entorno de cultivo, sino que también tuvieron efectos variados en los cangrejos de río. Por lo tanto, se necesita un mejorador de sedimento apropiado basado en condiciones específicas de acuicultura.