La disolución de rocas carbonatadas (DRC) en áreas kársticas genera abundantes iones, que contribuyen significativamente a la transformación del nitrógeno (N) en ecosistemas de arrozales. Sin embargo, se sabe poco sobre los mecanismos microbianos mediante los cuales los iones de DRC (Ca2+, Mg2+, HCO3-/CO32- y OH-) regulan el equilibrio de N. En este experimento, se realizaron estudios en macetas de arroz utilizando suelo kárstico (S1), suelo kárstico con minerales carbonatados eliminados (S2), suelo no kárstico (S3) y suelo no kárstico con minerales carbonatados adicionales (S4). Se investigaron los efectos de la DRC en microorganismos que metabolizan N y en genes funcionales en el metabolismo del N utilizando tecnología de secuenciación metagenómica. Se revelaron seis vías de metabolismo del N, incluyendo la fijación de N, nitrificación, desnitrificación, reducción disimilatoria de nitrato a amoníaco (DNRA), reducción asimilatoria de nitrato a amoníaco (ANRA) y nitrificación completa (comammox). En comparación con S3, la abundancia relativa del módulo de desnitrificación (M00529) en S1 aumentó claramente en un 1.52%. Además, en comparación con S3, la abundancia relativa del módulo de nitrificación completa (comammox) (M00804) en S4 disminuyó en un 0.66%. Proteobacterias y Anaeromyxobacter fueron contribuyentes significativos a las variaciones en el metabolismo del N. Los factores clave que influyeron en las variaciones en el metabolismo del N incluyeron Ca2+, Mg2+ y pH. Este estudio exploró los efectos de la DRC en microorganismos que metabolizan N y funciones, lo cual es de gran importancia para el ciclo del N en ecosistemas de arrozales kársticos.