La adopción de fertilizantes ecológicos se percibe cada vez más como una vía sostenible para mejorar la cantidad y calidad de las plantas medicinales y aromáticas. Aquí, investigamos cómo el cultivo intercalado y la aplicación de biofertilizantes impactaron la productividad y la calidad del aceite esencial de la judía mungo y el orégano. Los tratamientos se realizaron utilizando monocultivo de judía mungo (MBm) y monocultivo de orégano (Om), así como proporciones de cultivo intercalado aditivo (100% orégano + 15% judía mungo (O/15MB), 100% orégano + 30% judía mungo (O/30MB), 100% orégano + 45% judía mungo (O/45MB), 100% orégano + 60% judía mungo (O/60MB)), cada uno con/sin aplicación de biofertilizantes (fertilizante de hongos micorrízicos y bacterias). Encontramos que el contenido de N, P y K en el orégano y la judía mungo fue más alto en los tratamientos intercalados O/30MB y O/45MB. El índice máximo de relación de equivalencia de tierra (LER) (1.6) se registró para el tratamiento O/15MB tras la aplicación de biofertilizantes, lo que indica que se requeriría un 59% más de área en el tratamiento de monocultivo para lograr el mismo rendimiento que en los tratamientos de cultivo intercalado. El contenido máximo de carvacrol, p-cimeno y éter metílico de carvacrol se obtuvo para el tratamiento O/45MB bajo biofertilizante. Estos resultados indican que el cultivo intercalado de orégano/judía mungo (especialmente O/45MB) junto con la aplicación de biofertilizantes puede allanar el camino hacia una agronomía más sostenible para mejorar la cantidad y calidad del aceite esencial.