Analizar las tendencias en los cambios de magnitud de inundaciones y sus causas subyacentes, bajo el cambio climático, es un desafío clave para la gestión efectiva de los recursos hídricos en regiones áridas y semiáridas, particularmente para los ríos interiores que se originan en las Montañas Qilian (MQ). Se utilizaron el estimador de pendiente de Sen y la prueba de Mann-Kendall para investigar las tendencias espaciales y temporales en la magnitud de las inundaciones, basándose en el caudal máximo anual (CMPA) y la serie de magnitud de picos sobre el umbral (POT3M) de doce ríos típicos, desde 1970 hasta 2021. Los resultados mostraron que, en la serie CMPA, el 42% de los ríos presentaron tendencias significativamente decrecientes, mientras que el 8% mostró tendencias significativamente crecientes; en la serie POT3M, el 25% de los ríos tuvo tendencias significativamente decrecientes, mientras que el 8% mostró tendencias significativamente crecientes. Las diferencias regionales en las MQ de este a oeste fueron que los ríos en la región oriental (por ejemplo, los ríos Gulang, Zamu y Xiying) mostraron tendencias significativamente decrecientes en las series CMPA y POT3M; la mayoría de los ríos en la región central tuvieron tendencias no significativas, mientras que el río Shule en la región occidental mostró una tendencia significativamente creciente. Las temperaturas y la precipitación mostraron una tendencia fluctuante en aumento después de 1987, que fueron los principales factores que contribuyeron al cambio en las tendencias de magnitud de inundaciones de las series CMPA y POT3M en las MQ. Las diferencias regionales en la precipitación, la intensidad de la precipitación y la proporción de agua de deshielo glacial en las regiones oriental, central y occidental, resultaron en las diferencias en las tendencias de magnitud de inundaciones entre el este y el oeste.