Los humedales salinos interiores en la cuenca del Ebro (España) están protegidos por regulaciones internacionales, pero también están amenazados por la expansión de granjas de animales. Estudiamos los presupuestos de entrada-salida de N de las granjas de animales en cuatro cuencas de humedales en la cuenca central del Ebro designadas como Zonas Vulnerables al Nitrato. Utilizamos el N producido en las granjas de animales como entradas y el N extraído por los cultivos a los que se aplican estiércoles y purines como salidas en cada cuenca. Los balances consideraron las regulaciones sobre la pendiente del terreno donde se pueden aplicar excretas animales y las dosis de aplicación. A una escala detallada, aplicamos el Programa de Predicción de Erosión Hídrica (WEPP) a la cuenca de Farnaca para evaluar el escorrentía y los nutrientes que llegan a su humedal. Mientras que la cuenca de Bujaraloz-Sástago mostró un alto exceso de carga de N, en la cuenca de Gallocanta, la extracción de N por los cultivos fue significativamente mayor que el N producido por las granjas de animales. A pesar de esta falta de excedente de N de las excretas animales, las aguas subterráneas en la cuenca de Gallocanta están contaminadas por nitratos. El énfasis en el N de las granjas de animales en los planes para prevenir la contaminación del agua está omitiendo el papel de los fertilizantes minerales como fuentes de contaminación en cuencas con pequeñas cargas de N de granjas de animales. Las parcelas agrícolas en la cuenca de Farnaca producen cantidades significativas de sedimentos y nutrientes que eventualmente contaminan el humedal. Se requieren enfoques de modelado a escalas detalladas para evaluar los flujos de materiales hacia humedales individuales.