Evaluación de enfoques de vanguardia para la ensamblaje del genoma de norovirus en muestras de metagenoma
Autores: Meleshko, Dmitry; Korobeynikov, Anton
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 3
Citaciones: Sin citaciones
Un artículo publicado recientemente por Fuentes-Trillo et al. contiene una comparación de enfoques de ensamblaje de varias muestras de norovirus a través de diferentes herramientas y estrategias de preprocesamiento. Resultó que el estudio utilizó versiones desactualizadas de herramientas, así como herramientas que no estaban diseñadas para la tarea de ensamblaje viral. Para mejorar los ensamblajes subóptimos, los autores sugirieron diferentes estrategias de preprocesamiento sofisticadas que parecen hacer solo contribuciones menores a los resultados. Hemos reproducido el análisis utilizando herramientas de última generación diseñadas para el ensamblaje viral, y demostramos que las herramientas del conjunto de herramientas SPAdes permiten ensamblar las muestras del estudio original en un solo contig sin ningún preprocesamiento adicional.
Descripción
Un artículo publicado recientemente por Fuentes-Trillo et al. contiene una comparación de enfoques de ensamblaje de varias muestras de norovirus a través de diferentes herramientas y estrategias de preprocesamiento. Resultó que el estudio utilizó versiones desactualizadas de herramientas, así como herramientas que no estaban diseñadas para la tarea de ensamblaje viral. Para mejorar los ensamblajes subóptimos, los autores sugirieron diferentes estrategias de preprocesamiento sofisticadas que parecen hacer solo contribuciones menores a los resultados. Hemos reproducido el análisis utilizando herramientas de última generación diseñadas para el ensamblaje viral, y demostramos que las herramientas del conjunto de herramientas SPAdes permiten ensamblar las muestras del estudio original en un solo contig sin ningún preprocesamiento adicional.