La paratuberculosis (PTB), causada por la subespecie (MAP), provoca pérdidas financieras significativas en la industria de los rumiantes. El objetivo de este estudio es describir los hallazgos patológicos concomitantes, así como las lesiones inducidas por PTB en 39 cabras infectadas de forma natural (15 vacunadas y 24 no vacunadas). Todos los animales presentaron lesiones microscópicas inducidas por MAP que afectaban a los órganos diana, aunque solo el 62% de estas fueron detectadas de manera macroscópica. Principalmente se reconocieron patologías inflamatorias concomitantes que afectaban a los sistemas hemolinfático, respiratorio y gastrointestinal. Los animales no vacunados presentaron tanto enteritis granulomatosa moderada como marcada, en contraste con los vacunados, que mostraron una afectación intestinal leve. Nuestros resultados demuestran que los animales no vacunados presentaron neumonía en todos los grupos de edad estudiados (desde 12 hasta más de 48 meses). Se detectó una prevalencia significativamente mayor de lesiones de PTB en la válvula ileocecal en animales no vacunados con lesiones neumónicas (p = 0.027). Además, se describió una reducción de procesos gastrointestinales no PTB en cabras vacunadas. En conclusión, un rebaño de cabras infectadas por PTB puede verse afectado por una amplia gama de patologías concomitantes, principalmente de origen inflamatorio. La patología anatómica es de crucial importancia para un diagnóstico correcto del rebaño y la histopatología es una herramienta indispensable para la detección de lesiones. Además, la vacunación anti-MAP podría tener un efecto beneficioso en la reducción de enfermedades respiratorias y gastrointestinales no PTB.