Los microplásticos representan una amenaza cada vez mayor para los organismos acuáticos. Fusionamos datos de dos meta-análisis a escala global que investigan el efecto de los microplásticos en los rasgos funcionales de los organismos bentónicos y los peces. Se compararon los resultados, lo que permitió explorar las diferencias relacionadas con el hábitat de vertebrados e invertebrados, la etapa de vida, el nivel trófico y el diseño experimental. Los rasgos funcionales de los organismos acuáticos se vieron afectados negativamente. El metabolismo, el crecimiento y la reproducción de los organismos bentónicos se vieron impactados, y el comportamiento de los peces se vio significativamente afectado. Las respuestas variaron según el nivel trófico, lo que sugiere efectos negativos en las interacciones tróficas y la transferencia de energía a través de la red trófica. Se encontró que el diseño experimental tenía el impacto más significativo en los resultados. A medida que los microplásticos afectan el rendimiento de un organismo, esto causa repercusiones indirectas más arriba en la jerarquía ecológica sobre la estabilidad y el funcionamiento del ecosistema, y sus bienes y servicios asociados están en riesgo. Se necesitan urgentemente métodos estandarizados para generar objetivos e indicadores relevantes que informen mejor a los responsables de políticas y guíen los planes de mitigación.