El desarrollo del folículo piloso afecta directamente el desarrollo de la industria de la piel de conejo. El crecimiento y desarrollo de un folículo piloso es modificado y regulado por muchos genes y mecanismos. MA es una modificación importante del ARN. Sin embargo, hay pocos estudios sobre los efectos de la regulación de mA en el crecimiento y desarrollo del folículo piloso. En este estudio, se utilizó la tinción con hematoxilina-eosina (HE) para explorar la diferencia en el desarrollo del folículo piloso entre conejos Rex y conejos Hycole, y realizamos secuenciación de mA para identificar los genes clave con modificación de mA en el crecimiento del folículo piloso. Los resultados mostraron que la longitud del pelo, el porcentaje de pelo grueso, la proporción de folículos pilosos primarios y el grosor de la piel de los conejos Hycole eran significativamente mayores que los de los conejos Rex. Sin embargo, la proporción de folículos pilosos secundarios en los conejos Hycole era significativamente menor que en los conejos Rex. Además, encontramos cinco metilas diferenciales, 20 genes diferenciales y 24 vías de señalización diferenciales relacionadas con el crecimiento y desarrollo del pelo. Los resultados del diagrama de Sankey mostraron que 12 genes estaban relacionados con 13 vías de señalización. Finalmente, encontramos que cinco metilas regulaban el desarrollo de los folículos pilosos a través de genes/patrones de señalización diferenciales. Estos hallazgos sentaron una base molecular para la función de la modificación de mA en el desarrollo del pelo.