En la cuenca del Congo, la elevada vulnerabilidad de la seguridad alimentaria y el suministro de agua implica que las estrategias de desarrollo sostenible deben incorporar los efectos del cambio climático en los regímenes hidrológicos. Sin embargo, la falta de datos hidroclimáticos observacionales en las últimas décadas limita fuertemente el número de estudios que investigan los efectos del cambio climático en la cuenca del Congo. Presentamos el conjunto de datos basado en altimetría más grande de niveles de agua jamás constituido en toda la cuenca del Congo. Este conjunto de datos de niveles de agua ilumina los regímenes hidrológicos de varios afluentes del río Congo. Se extraen un total de 140 series temporales de niveles de agua utilizando altimetría de ENVISAT durante el período de 2003 a 2009. Para mejorar la comprensión de los fenómenos físicos que dominan la región, realizamos un análisis de clúster K-means de las variaciones de altura del nivel del río derivadas del altímetro para identificar grupos de cuencas hidrológicamente similares. Este análisis revela nueve regiones hidrológicas distintas. El esquema de regionalización propuesto se valida y, por lo tanto, se considera confiable para estimar las variaciones mensuales del nivel del agua en la cuenca del Congo. Este resultado confirma el potencial de la altimetría satelital en el monitoreo de variaciones espaciales y temporales del nivel del agua como un medio prometedor y sin precedentes para una mejor representación de las características hidrológicas en grandes cuencas fluviales no medidas.