Este estudio evaluó sistemáticamente la estructura genética de tres generaciones consecutivas de poblaciones de pomfret plateado criadas selectivamente y silvestres a lo largo de la costa de China. La investigación tuvo como objetivo abordar los riesgos potenciales de pérdida de diversidad genética durante los programas de cría, al mismo tiempo que investigaba la amenaza de la depresión por endogamia en estas poblaciones. Utilizando 19 marcadores genéticos altamente polimórficos recién desarrollados y análisis de genes mitocondriales, las poblaciones seleccionadas no mostraron una reducción significativa en la diversidad genética en comparación con las poblaciones silvestres, manteniendo tamaños efectivos de población dentro de 59.6-83.7. Un fuerte flujo génico (valores > 1) y una diferenciación genética mínima (0.0159-0.0326) entre grupos geográficos confirmaron la integración exitosa de la selección de rasgos de alto rendimiento con la preservación de la diversidad genética. Sin embargo, se observó un ligero declive en la diversidad en las poblaciones seleccionadas, lo que subraya la necesidad de un monitoreo continuo para prevenir riesgos de endogamia. Los hallazgos proporcionan información crucial para los programas de mejora genética. Demostraron que una cría selectiva bien diseñada puede mejorar la productividad de la acuicultura y mantener la salud genética de la población. Este trabajo establece un marco científico para equilibrar las características económicas importantes con la conservación de la biodiversidad en la cría de peces marinos, ofreciendo estrategias prácticas para el desarrollo sostenible de la acuicultura.