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Una ensamblaje de genoma a nivel de cromosoma de alta calidad y análisis comparativos proporcionan información sobre la adaptación de (Fabricius, 1794) (Diptera: Calliphoridae)

Autores: Zhang, Dan; Li, Liangliang; Ma, Junchao; Jin, Jianfeng; Ding, Chunli; Fang, Qiang; Jin, Jianjun; Aishan, Zhulidezi; Li, Xuebo

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2025

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Acceso abierto

Artículo científico


Categoría

Ciencias Naturales y Subdisciplinas

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 7

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
, como una de las moscas de la carne comunes, exhibe características biológicas, como la ovoviviparidad y la adaptación a la alimentación de carroña. Por lo tanto, esta especie se considera generalmente de gran importancia ecológica, médica y forense. Sin embargo, sin un genoma pseudo-cromosómico de alta calidad para, esclarecer su trayectoria evolutiva resultó difícil. En este trabajo, ensamblamos y analizamos un ensamblaje de genoma a nivel cromosómico de alta calidad de, combinado con lecturas largas de PacBio HiFi, datos de Hi-C y lecturas de Illumina. El ensamblaje de pseudo-cromosomas de abarca 629.44 Mb, con un 97.05% anclado a cinco cromosomas. El ensamblaje final incluye 1056 contigs (N50 = 1.68 Mb) y 97 andamios (N50 = 121.37 Mb), logrando un 98.90% de completitud BUSCO ( = 1367). La anotación de genes predijo 17,071 genes codificadores de proteínas (95.60% de completitud BUSCO), mientras que el enmascaramiento de repeticiones identificó 244.26 Mb (38.82%) como elementos repetitivos. Además, se caracterizaron 3740 ARN no codificantes. Los análisis de familias de genes resultaron en 10,579 familias de genes, que contienen 151 familias de genes que experimentaron evolución rápida. Los análisis genómicos comparativos mostraron que los genes expandidos están relacionados con la reproducción y los hábitos necrófagos. Además, anotamos las familias de genes P450s, CCEs, IRs, GRs y ORs, todas las cuales representan una expansión notable, desempeñando un papel crucial en el mecanismo de localización de los hospedadores para los insectos forenses. Nuestra investigación establece una secuencia de genoma de alta calidad para facilitar investigaciones moleculares posteriores sobre especies significativas dentro de la entomología forense.

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