Desentrañando la Asociación Genómica para los Rasgos de Producción de Leche y las Firmas de Selección de Ganado en un Entorno Tropical Hostil
Autores: Velayudhan, Silpa Mullakkalparambil; Yin, Tong; Alam, Shahin; Brügemann, Kerstin; Sejian, Veerasamy; Bhatta, Raghavendra; Schlecht, Eva; König, Sven
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 2
Citaciones: Sin citaciones
Se diseñó un estudio para identificar las regiones genómicas asociadas con los rasgos de producción de leche en una población de ganado lechero criada por pequeños agricultores en el duro y desafiante clima de sabana tropical de Bengaluru, India. Este estudio es un intento pionero de identificar los barridos de selección para las razas de ganado lechero criadas en un entorno así. Se seleccionaron doscientos cuarenta vacas lecheras en lactancia criadas por 68 agricultores en las regiones de transición rural-urbana de Bengaluru para este estudio. Se realizó un estudio de asociación del genoma completo (GWAS) para identificar genes candidatos para el rendimiento de leche en el día de prueba, sólidos no grasos (SNF), lactosa en la leche, densidad de la leche y mastitis clínica. Además, se adoptó la metodología de homocigosidad de haplotipos extendidos de población cruzada (XP-EHH) para escanear las razas de ganado lechero (Holstein Friesian, Jersey y mestizo) en Bengaluru. Se observaron dos SNPs, rs109340659 y rs41571523, que estaban significativamente asociados con el rendimiento de leche en el día de prueba. No se observaron SNPs significativos para los demás rasgos de producción. El GWAS para la lactosa en la leche reveló un SNP (rs41634101) que estaba muy cerca del límite de umbral, aunque no significativo. Se identificaron los posibles genes candidatos fibrosin-like 1 y subunidad auxiliar gamma 3 del canal de calcio activado por voltaje como cercanos al SNP identificado para el rendimiento de leche en el día de prueba. Se observó que estos genes estaban asociados con rasgos de producción de leche según informes anteriores. Además, el análisis de la firma de selección reveló varias regiones bajo selección para las comparaciones de grupos de razas (mestizo-HF, mestizo-J y HF-J). El análisis funcional de estos genes anotados bajo selección indicó vías y mecanismos que involucran ubiquitinación, señalización celular y respuesta inmune. Estos hallazgos apuntan hacia la probable selección de vacas lecheras en Bengaluru por su termotolerancia.
Descripción
Se diseñó un estudio para identificar las regiones genómicas asociadas con los rasgos de producción de leche en una población de ganado lechero criada por pequeños agricultores en el duro y desafiante clima de sabana tropical de Bengaluru, India. Este estudio es un intento pionero de identificar los barridos de selección para las razas de ganado lechero criadas en un entorno así. Se seleccionaron doscientos cuarenta vacas lecheras en lactancia criadas por 68 agricultores en las regiones de transición rural-urbana de Bengaluru para este estudio. Se realizó un estudio de asociación del genoma completo (GWAS) para identificar genes candidatos para el rendimiento de leche en el día de prueba, sólidos no grasos (SNF), lactosa en la leche, densidad de la leche y mastitis clínica. Además, se adoptó la metodología de homocigosidad de haplotipos extendidos de población cruzada (XP-EHH) para escanear las razas de ganado lechero (Holstein Friesian, Jersey y mestizo) en Bengaluru. Se observaron dos SNPs, rs109340659 y rs41571523, que estaban significativamente asociados con el rendimiento de leche en el día de prueba. No se observaron SNPs significativos para los demás rasgos de producción. El GWAS para la lactosa en la leche reveló un SNP (rs41634101) que estaba muy cerca del límite de umbral, aunque no significativo. Se identificaron los posibles genes candidatos fibrosin-like 1 y subunidad auxiliar gamma 3 del canal de calcio activado por voltaje como cercanos al SNP identificado para el rendimiento de leche en el día de prueba. Se observó que estos genes estaban asociados con rasgos de producción de leche según informes anteriores. Además, el análisis de la firma de selección reveló varias regiones bajo selección para las comparaciones de grupos de razas (mestizo-HF, mestizo-J y HF-J). El análisis funcional de estos genes anotados bajo selección indicó vías y mecanismos que involucran ubiquitinación, señalización celular y respuesta inmune. Estos hallazgos apuntan hacia la probable selección de vacas lecheras en Bengaluru por su termotolerancia.