El sistema nervioso central (SNC) desempeña un papel crucial en la regulación de las funciones corporales al detectar e integrar señales ambientales y mantener condiciones fisiológicas adecuadas. Investigaciones recientes han revelado que las funciones del SNC están estrechamente coordinadas con el sistema inmunológico. Dado que incluso las perturbaciones menores del sistema inmunológico en el SNC pueden llevar a diversas disfunciones, enfermedades o incluso la muerte, está altamente especializado y segregado de aquel en las regiones periféricas. La microglía en el parénquima y los macrófagos en la interfaz entre el SNC y las regiones periféricas son células inmunitarias esenciales en el SNC que monitorean los cambios ambientales. Análisis ómicos recientes han revelado que estas células exhiben poblaciones altamente heterogéneas. En esta revisión, resumimos las funciones y la diversidad de la microglía en el parénquima cerebral y las de los macrófagos en las regiones fronterizas, como las meninges, los espacios perivasculares y el plexo coroideo.