El genoma mitocondrial (mitogenoma o mtDNA), el genoma extracromosómico, es un ADN circular de múltiples copias con altas tasas de mutación debido a errores de replicación y reparación. Un mitocondrio, célula, tejido, órgano o un cuerpo individual pueden contener múltiples variantes, tanto heredadas como desarrolladas a lo largo de la vida, que conforman los pools mitogénicos individuales. Este fenómeno también se llama heteroplasmia de mtDNA. Las variantes de mtDNA influyen en las funciones celulares y tisulares y, en consecuencia, están sujetas a selección. Aunque se ha reconocido durante mucho tiempo que solo las heteroplasias germinales heredables tienen importancia evolutiva, las heteroplasias somáticas no heredables han sido pasadas por alto ya que afectan directamente la aptitud individual y, por lo tanto, afectan indirectamente el destino de las variantes germinales heredables. Esta revisión se centra en las características, dinámicas y funciones de la heteroplasmia de mtDNA y propone el concepto de pools mitogénicos individuales para discutir la diversidad genética individual desde múltiples ángulos. Proporcionamos una perspectiva única sobre la relación entre la diversidad genética individual y la diversidad genética heredable y guiamos cómo el pool mitogénico individual con nuevos marcadores genéticos puede aplicarse a la investigación ecológica.